في عام 1827م '1243هجرية' اقترح كلوت بك الفرنسي أن يلحق بمستشفي أبي زعبل الذي كان يضم 720 سريراً، واختير للمدرسة مائة طالب، وقد رتب لكل طالب مائة قرش شهرياً خلاف الطعام من الأزهر، لتبدأ بهم المدرسة وجيء من أوروبا بطائفة من الأساتذة لتدريس التشريح والجراحة والأمراض الباطنة وعلم الصحة والصيدلة والطب الشرعي والطبيعة والكيمياء، وقد ألحق بالمدرسة مدرسة أخري خاصة بالصيدلة، ألحقت بها حديقة لزرع كل ما تنبت الأرض من نباتات طبية كما ألحق بالمدرسة، مدرسة خاصة بالقابلات والولادة 'الدايات'.

وفي عام 1847م، ذكرت صحيفة 'الوقائع المصرية' أنه بتاريخ أول رجب من سنة '1263م' وصل من أمريكا أول دفعة من البنج واستعمله كلوت بك في عمليات خاصة بالسرطان، كما استعمل في بتر ساق أحد المرضي فلم يحسوا بأي ألم وقد بذل كلوت بك جهوداً صادقة للنهوض بالمدرسة والسير بها قدماً، واعترضته صعوبات كثيرة، وكان أهمها لغة التعليم، فقد كان من المقرر جعل التعليم باللغة العربية، ولكن الأساتذة كانوا يجهلون هذه اللغة، فاختير لهم مترجمون يجيدون الفرنسية والعربية.

فكان المدرس يأتي إلي الفرقة ومعه المترجم، ثم صار المترجمون يختارون من بين أوائل تلاميذ المدرسة الذين تعلموا الفرنسية في ساعات فراغهم، وفي معهد ألحق خصيصاً بالمدرسة لتعلم تلك اللغة، وبعد خمس سنوات من إنشاء المدرسة تخرجت المجموعة الأولي، فتم توزيعهم علي الجيش والمستشفيات، واختير من بين المتفوقين عشرون طالباً وتم الإبقاء علي ثمانية منهم كمعيدين في المدرسة، أما الاثنا عشر الباقون فتم إرسالهم إلي باريس لإتقان علومهم وإتمامها فلما عادوا عينوا أساتذة في المدرسة، وهم الذين تألفت منهم البعثة العلمية الرابعة وقد ذكر المسيو مانجان أن عدد تلاميذ مدرسة الطب بلغ عام 1837م 140 طالباً، ثم نقلت المدرسة ونقل معها المستشفي من أبي زعبل إلي مصر سنة 1837م، واختير لها قصر العيني فصار المستشفي والمدرسة أقرب إلي القاهرة.

أما كلوت بك فهو مولود في 'جرينوبل' بفرنسا سنة 1793، من أبوين فقيرين ولما كبر انكب علي الدراسة علي ما كان فيه من عوز وفقر، وتعلم الطب، واضطر أن يعمل صبياً لحلاق بمرسيليا ليتابع دراسته، إلي أن حصل علي إجازة الطب وعين طبيب ثانياً في مستشفي الصيدلة بمرسيليا، ثم انفصل عن هذا المنصب، ومارس مهنة الطب في تلك المدينة إلي أن تعرف إلي تاجر فرنسي، كان يعرفه محمد علي باشا وكان قد طلب منه أن يرشح له طبيباً للجيش المصري، فكان كلوت بك الذي رحب بالمهمة، وهبط مصر سنة 1825م، وشهد له الكثيرون بالأخلاق الفاضلة والعزيمة الصادقة، فعهد إليه محمد علي باشا بتنظيم الإدارة الصحية للجيش المصري التي كان قد أنشأها عام 1820م، وجعله رئيس أطباء الجيش.

وكان أول ما اقترحه كلوت بك علي محمد علي هو إنشاء مستشفي عسكري بأبي زعبل بجوار المعسكر العام في 'الخانكة'، فأجابه الباشا لطلبه كما أجابه أيضاً لطلبه إنشاء مدرسة الطب، ولكلوت بك الكثير من المؤلفات الطبية، كما أسس مجلساً للصحة علي النظام الفرنسي كان له فضل عظيم في النهوض بالحالة الصحية للبلاد وعني بتنظيم المستشفيات وهو الذي أشار بتطعيم الجدري، الذي جنب نحو ألف طفل في العام الواحد الوفاة بسبب هذا المرض فأنعم عليه محمد علي بالبكوية، كما بذل جهوداً ملفتة في مقاومة الطاعون الذي حل بالبلاد سنة 1835.

وكان محمد علي قد أوفد مجموعة من البعثات إلي أوروبا، كانت الأولي عام 1826م، في الإدارة والحقوق والفنون الحربية والعلوم السياسية والملاحة والهندسة الحربية والمدفعية والطب والجراحة التي ضمت 'علي هيبة ـ والشيخ محمد الدشطوطي' وفي الزراعة والتعدين وهندسة الري والميكانيكا وصنع الأسلحة وصب المدافع والطباعة والحفر والكيمياء، ثم كانت البعثة الثانية سنة 1828م، ضمت الهندسة والرياضيات والحربية والطب والترجمة كان منهم 'محمد أفندي عبدالفتاح' وكانت البعثة الثالثة عام '1829م' ثم وكانت البعثة الرابعة أو البعثة الطبية الكبري سنة '1835' وكان عددها 12 تلميذاً، وكانوا من أوائل مدرسة الطب في أبي زعبل وباكورة ثمرها، وكانوا كالتالي:

محمد علي 'باشا' البقلي وإبراهيم بك النبراوي ومحمد بك الشافعي ومحمد بك حسن الرشيدي وعيسوي أفندي النحراوي والشيخ حسين غانم الرشيدي ومحمد أفندي السكري وحسين الهياوي أفندي ومحمد منصور أفندي وأحمد نجيب أفندي، أما البعثة الخامسة فكانت أكبر البعثات وأعظمها شأناً لذا حرص أن يبعث فيها محمد علي بأبنائه وأحفاده، ولذلك سماها علي مبارك 'بعثة الأنجال' وكان قوامها 83 مبعوثاً و كان بين هؤلاء 'مصطفي بك الواطي' وعثمان أفندي إبراهيم في طب الأسنان وبدوي سالم أفندي مدرس الكيمياء والصيدلة بمدرسة الطب وإبراهيم جركس بك في الطب البيطري، وكان عدد البعثات التي أوفدها محمد علي باشا تسع بعثات.